La función de asesoría que ejerce el Instituto CAPAZ comprende la interacción con instituciones interesadas en la construcción de paz. Dichas instituciones pueden ser de gobierno, de la sociedad civil y de los sectores académico y empresarial. La asesoría busca fortalecer la capacidad institucional para la toma de decisiones y el diseño de política pública basada en la evidencia provista por la investigación.
Uno de los principales logros del Instituto en este campo ha sido la firma del convenio de cooperación con el Centro de Estudios de Derecho Penal y Procesal Penal Latinoamericano (CEDPAL) adscrito a la Universidad de Göttingen y la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) en Colombia. Dicho convenio permite el intercambio de experiencias en materia de justicia transicional, asistencia técnica en procesos de pedagogía, divulgación y trabajo en territorio, y la promoción de discusiones relacionadas con Derecho Penal Internacional y Derecho Internacional Humanitario.
Así mismo vale la pena destacar la carta de entendimiento suscrita por CAPAZ con la Comisión para el Esclarecimiento de la Verdad, la Convivencia y la No Repetición (CEV) en Colombia. Mediante este documento, ambas instituciones buscan promover la investigación conjunta respecto del objetivo del mandato de la CEV.
La actividad de los convenios ha derivado en la formulación de los siguientes proyectos: