Los proyectos de investigación son uno de los principales ejes del Instituto CAPAZ. En ellos se prueban nuevos conceptos para entender y explicar la existencia de los conflictos y la construcción de paz en Colombia. Desde 2017, el Instituto CAPAZ ha apoyado proyectos de este tipo dando importancia a la construcción de redes de conocimiento entre academia, gobierno y sociedad civil. De igual forma, los proyectos de investigación fomentan la cooperación binacional entre instituciones de Colombia y Alemania.
